五、比力全基因组变异图谱及关键道路基因变更合成

全基因组变异图谱合成（WGMP），基因是组合散漫每一个样品的测序Reads对于参考基因组的拆穿困绕情景以及SNP、InDel的比力合乐成果，以参考序列为标尺，基因把Reads拆穿困绕情景以及SNP、组合InDel的比力扩散情景揭示到环形的变异图谱上。从图上可直不雅比力Reads薄盖度的基因高下与变异合乐成果的扩散情景（图6）

赤藓糖醇是戊糖磷酸道路（PPP道路）的代谢产物，道路波及多个关键基因。组合经由全基因组变异图谱的比力数据深入合成，赤藓糖醇分解道路中的基因关键基因转酮酶TKL1（YALI0_E06479g）有两个碱基爆发单核苷酸多态性（SNP）变更：位于染色体CR382131.1上73963八、740216位的组合碱基，参考基因组为A、比力T，基因Yarrowia lipolytica BBE-I7为G、组合G，这分说对于应转酮酶TKL1的第412位以及220位氨基酸。染色体CR382131.1上739638位碱基变更后与原碱基对于应的三联明码子是同义明码子，因此氨基酸不变更。740216位碱基的变更，导致该酶第220位氨基酸由赖氨酸酿成谷氨酰胺。赤藓糖复原酶ER（YALI0_F18590g）也有两个碱基爆发单核苷酸多态性（SNP）变更：位于染色体CR382132.1上248363五、2483794位的碱基，参考基因组为G、C，Yarrowialipolytica BBE—17为C、T，可是这两个碱基的变更并无引起赤藓糖复原酶ER的氨基酸序列爆发变更。

四、论断与展望

经由比力基因组合成，可能从基因组全局角度清晰菌株，而后详尽合成与目的道路相关的基因变更。比力基因组服从展现，Yarrowialipolytica BBE—17全部基因组有8078个小片断插与缺失变更（InDel），4256个基因爆发了单核苷酸多态性变更（SNP），129个基因组妄想变异（SV），142个DNA拷贝数变异（CNV）。可是与赤藓糖醇分解道路（图7>直接相关的只发现有2个关键道路基因TKLi、ER爆发单核苷酸多态性变更（SNP），而且唯逐个个氨基酸爆发修正。

从基因组妄想变异以及DNA拷贝数变更来说，根基全为缺失型，剖析Yarrowialipolytica BBE—17部份代谢行动受到抑制，这可能在确定水平上增长了其赤藓糖醇代谢通路的增强。基于此可能预料：关键道路基因的单核苷酸多态性变更（SNP）并非Yarrowialipolytica BBE—17菌株具备积攒赤藓糖醇能耐的主要原因，理当是基因组全局的组装差距使Yarrowialipolytica BBE—17的部份代谢收集与方式菌株差距，这也是目的代谢道路增强以及目的产物积攒的主要原因。

1998年Ste妹妹er等人提出了基因组重排技术（Genomeshuffling），为份子育种开拓了一条新的思绪，可是高随机性以及高筛选难度限度了该技术的奉背运用。覃重军等人将酵母的16条染色体并吞为一条染色体，乐成取患了单染色体酵母，为基因组理性编纂以及理性基因组工程育种提供了可能。本文经由比力基因组学揭示的钻研内容，不光为进一步优化亚罗解脂酵母破费赤藓糖薛的能耐提供信息参考，也向理性基因组工程育种技术的快捷睁开提出了期待。

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